Capela de São Bento, edifício que está ligado aos primórdios da história do município (Rodrigo Zanotto)
A fundação de Paulínia tem início com dois lotes que foram doados pelo governo do Estado da época para pessoas que tinham interesse em cultivá-los. Essas propriedades ficavam localizadas entre os rios Atibaia e Jaguari. Uma foi doada em 1796 e a outra, em 1807. Esta segunda, nomeada de Fazenda São Bento, foi comprada pelo comendador Francisco de Paula Camargo em 1885. A propriedade era produtora de café.
A partir da Fazenda São Bento começou a nascer um núcleo urbano. Foi inaugurada uma capela em honra ao mesmo santo. Ao redor do templo religioso, existente no centro de Paulínia até os dias atuais, começa a desenvolver-se um vilarejo, também conhecido como São Bento, figura religiosa muito popular na região devido ao poder atribuído a ele de 'proteger' seus devotos contra picadas de cobras, abundantes na região.
Na época, o Município tinha a paisagem de sertão, com flora e fauna exuberantes e era habitado por indígenas. No entanto, era visto como um bairro periférico de Campinas, sem qualquer tipo de assistência, assim como Sumaré, Valinhos e Cosmópolis. Com o fortalecimento da agricultura, os fazendeiros começaram a sentir dificuldade em escoar a produção, pois estavam localizados entre os rios Atibaia e Jaguari. Dessa forma, começou um intenso movimento dos trabalhadores da região para conseguir a construção de uma estrada de ferro que viabilizasse o transporte das mercadorias para outros núcleos. Em 1880, foram aprovados créditos para a construção da Companhia Carril Agrícola Funilense, que ligava a cidade de Campinas à região da Fazenda do Funil.
Em 18 de setembro de 1899, o trecho carroçável da Cia. O Carril Agrícola Funilense foi inaugurado, com várias estações ao longo do percurso. Todas receberam nomes de diretores e membros da própria empresa: "Barão Geraldo", "José Paulino Nogueira", "João Aranha", "José Guatemozin Nogueira" e "Artur Nogueira". Outras levaram o nome da fazenda onde estavam situadas: "Santa Genebra", "Deserto", "Santa Terezinha" e "Engenho".
Consequentemente, os bairros onde estavam as estações foram batizados com os mesmos nomes. A Estação "José Paulino Nogueira" atraiu vários comerciantes, transformando a economia local. Nas proximidades, também surgiu a Rua do Comércio, renomeada posteriormente como Avenida José Paulino. Assim, surgiu a Vila José Paulino.
Em 30 de novembro de 1944, a vila foi elevada à condição de distrito com o nome de Paulínia, uma homenagem a José Paulino Nogueira, um fazendeiro campineiro, um dos donos da Fazenda do Funil, localizada entre as atuais cidades de Paulínia e Cosmópolis. Em seguida, quando um decreto estadual proibiu localidades de terem nomes de pessoas vivas, a denominação foi mudada para Paulínia.
Em 1956, chega a Paulínia o funcionário aposentado da Assembleia Legislativa do Estado, José Lozano de Araújo. Ele reconheceu o potencial econômico do distrito e fundou a entidade Amigos de Paulínia integrada por vários homens das famílias mais antigas do local. A medida deu início a um movimento emancipatório, que culminou com um plebiscito realizado em 6 de novembro de 1963. Os eleitores optaram pela autonomia política do distrito. Em 28 de fevereiro de 1964, o Diário Oficial do Estado de São Paulo publicou a Lei 8092 que criou o município de Paulínia.